In 1397 gaf de bisschop van Utrecht toestemming om in het toen nieuw gebouwde stadje Elburg een parochiekerk te bouwen. De kerk werd in de noordoostelijke hoek van de stad in gotische stijl gebouwd. De bouw was klaar in de vijftiende eeuw. Het is een driebeukige pseudobasiliek met gemetselde kruisribgewelven. Sinds omstreeks 1580 is de kerk in protestantse handen. Van voor de Reformatie dateren het eikenhouten koorhek en twee koorbanken. De kerk werd gewijd aan de heilige Sint-Nicolaas, de schutspatroon van de zeelieden en vissers.
Toren niet beklimmen
De toren bestaat uit een sokkel met daarboven drie geledingen, die aan elke zijde drie uitsparingen heeft in spitse bogen. Er staat geen spits op de toren. Deze ging verloren bij een blikseminslag in 1693. Geldgebrek heeft voorkomen dat de spits ooit weer werd herbouwd. De toren is vanwege veiligheidsredenen niet te beklimmen op de zaterdag.
Restauratie
In de jaren 1971 tot 1975 werd de kerk grondig gerestaureerd. Tijdens deze restauratie kwamen enkele bijzondere muurschilderingen (fresco’s) onder de kalklagen te voorschijn. De geelkoperen kronen in de middenbeuk dateren uit de zeventiende eeuw.
Nadat Elburg in 1956 was afgesloten van open vaarwater, schonk visserman Wichert Jansen een model van de botter EB 32 aan de kerkvoogdij. Dit bottertje hangt aan de zuidelijke muur van het middenschip, als symbool van de betekenis van de visserij voor Elburg.
Orgelconcerten
In de kerk zijn diverse orgelconcerten. Vanaf 16.00 uur verzorgt koor Rafidim een optreden.